Em 1999, a Pagani criou o Zonda C12, um carro superesportivo com opções de carroceria cupê e
roadster, e com motor AMG V12, em versões de 6.0, 7.0 e 7.3 litros de cilindrada. Alguns aspectos da engenharia do Zonda foram concebidos pelo pentacampeão de Fórmula 1 Juan Manuel Fangio.
Inicialmente, o carro era para ser chamado "Fangio F1" em homenagem ao ex-piloto, mas, após a sua morte, em 1995, ele foi renomeado para "Zonda", um termo regional para um vento que sopra acima da Argentina. Até 2011, foram produzidas 140 unidades do Zonda, incluindo as versões C12, S, F, R, Cinque, Tricolore e as unidades especiais 760RS, 760LH e 764 Passione.