Seu primeiro disco solo, "A Sétima Efervescência", de 1997, é calcado nos moldes de "The Piper At The Gates Of Dawn", do Pink Floyd, com psicodelia e experimentação e um prenúncio de sua obra ulterior, o final de "Sociedades Humanóides Fantásticas", uma bossa-nova psicodélica.
As músicas deste disco são grandes referências do rock gaúcho. Além disso, contém algumas faixas centradas no imaginário underground, como "Um Lugar do Caralho" (que foi regravada por Wander Wildner, no disco "Baladas Sangrentas"), "Eu e Minha Ex", com a parceria de Marcelo Birck nos arranjos, "As Tortas e as Cucas" e "Essência Interior".
Após o grande sucesso do disco, Flávio Basso começou a compor em inglês, por isso, torna-se Jupiter Apple. Decidiu misturar bossa-nova e vanguarda. Muitos fãs não o entenderam, preferindo a mais acessível psicodelia. Essa mistura inusitada está muito bem feita no seu segundo disco, "Plastic Soda", de 1999. Ele começa com uma canção de nove minutos, "A Lad and a Maid in the Bloom", que define o caráter inovador do disco.
Em 2002, lançou "Hisscivilization", o disco mais ambicioso, e, talvez, mais incompreendido, de Jupiter Apple. Longas experimentações eletrônicas, bossas elétricas e lounge, valsa, cítaras e moogs, condensados em momentos, ora de leveza, ora de paranóia.
É seu disco mais hermético. Se, para os que estavam acostumados com o rock and roll de Cascavelletes, a "A Sétima Efervescência" já era algo inesperado, a reação causada pelos dois discos da fase "Apple" são ainda mais dramáticas.
Em 2006, "Apple" volta a ser "Maçã", e lançou o disco "Uma Tarde Na Fruteira". Neste trabalho, continou explorando o lado brasileiro e experimental, com músicas já eternizadas no subconsciente do underground porto-alegrense, como "A Marchinha Psicótica de Dr. Soup".
Este álbum pode ser considerado o mais acessível do autor. De certa forma, tudo que já foi composto por Júpiter Maçã está resumido neste disco, desde canções mod sessentistas, levezas jazz, baladas domingueiras à Bob Dylan, com concretismos e timbres eletrônicos.
Em 23 de novembro de 2011, Júpiter Apple gravou seu primeiro DVD ao vivo, no Opinião, em Porto Alegre, Rio Grande do Sul. O show também marcou a inauguração da J.A.C.K. (Jupiter Apple Corporation and Kingdom).
Apoiado por sua banda, formada por Julio Sasquatt (bateria), Julio Cascaes (guitarra), Felipe Faraco (baixo) e Astronauta Pinguim (teclados), com participações mais especiais de Nei Van Soria, Lucio Vassarath, Hique Gomes, Marcio Petracco, Clara Averbuck, Hamburg Black Cats e Bibiana Graeff, o DVD apresenta um registro de vinte canções, que sintetizam a carreira de Jupiter Apple, mostrando hits de seus álbuns solo, e também relembrando momentos dos tempos de TNT e dos Cascavelettes.
Depois de quase dois anos afastado dos palcos, após cair do segundo andar do prédio onde morava, chegando a ser internado no setor de traumatologia do Hospital de Pronto Socorro de Porto Alegre, Júpiter retornou e lançou, em julho de 2014, o DVD "Six Colours Frenesi".
O set-list completo do show, com mais de duas horas de duração, tem vinte músicas, com vários clássicos do rock Gaúcho. O DVD possui uma versão de "Lovely Riverside", que conta com a participação do grupo Gaúcho Bluegrass, que mostra uma faceta nova a música.