Batistuta começou muito tarde no futebol, aos dezessete anos, em 1988, no Newell's Old Boys, quando deixou o basquete. Foi vice-campeão da Copa Libertadores da América. No ano seguinte, mudou-se para o River Plate, onde conquistou pela primeira vez o Campeonato Argentino. Logo se transferiu para o Boca Juniors, onde se sagrou campeão e artilheiro do Campeonato Argentino.
Em 1991, foi convocado pela primeira vez para atuar pela Seleção Argentina, num jogo contra a Seleção Brasileira. Nesse mesmo ano, venceu a Copa América e foi o artilheiro do torneio, ao marcar seis gols, um deles na final, contra o Brasil.
Nesse mesmo ano, foi jogar no Campeonato Italiano pela Fiorentina, na temporada 1992/1993, marcando 13 gols em 27 jogos. No entanto, o Fiorentina foi rebaixado para a segunda divisão, mas Batistuta manteve-se fiel à equipe e esperou um ano para voltar a jogar na Série A.
Ainda em 1993, conquistou novamente a Copa América. Voltou à primeira divisão do Campeonato Italiano em 1994/1995, e foi o artilheiro da competição, com 26 gols.
O atacante esteve presente na Copa do Mundo, em 1994, nos EUA, onde foi o artilheiro da Seleção Argentina, com quatro gols. No mundial de 1998, na França, novamente foi o goleador da Seleção Argentina, ao marcar cinco gols.
Ficou jogando na Fiorentina durante várias temporadas, apesar das inúmeras propostas de outros clubes europeus. Recebeu uma estátua condecorativa do time italiano. Só na temporada 2000/2001, Batistuta foi atuar pela Roma, na época, a segunda mais cara negociação do futebol mundial. Nessa mesma temporada, o time foi campeão, depois de quase vinte anos sem título nacional.
Em 2003, depois de uma breve passagem pelo Inter de Milão, Batistuta foi ao Al-Arabi, do Qatar. Ganhou um campeonato e foi o artilheiro, com 23 gols. Abandonou o futebol em 2005. Depois, treinou o Albacete.
Clubes
- Newell's Old Boys (Argentina) 1988-1989
- River Plate (Argentina) 1989-1990
- Boca Juniors (Argentina) 1990-1991
- AC Fiorentina (Italia) 1991-2000
- AS Roma (Italia) 2000-2002
- Inter de Milán (Italia) 2002-2003
- Al-Arabi (Qatar) 2003-2005
Títulos
- Newels Old Boys - Vice-Campeão da Libertadores: 1988
- River Plate - Campeão Argentino: 1989/1990 (temporada)
- Fiorentina - Copa da Itália: 1995/1996
- Fiorentina - Supertaça Italiana: 1995/1996
- AS Roma - Campeonato Italiano: 2000/2001
- Al Arabi - Campeonato do Qatar: 2003/2005
Seleção Argentina
- Copa América: 1991 e 1993
- Copa das Confederações: 1992
Participações em Copas do Mundo
- 1994 - EUA
- 1998 - França
- 2002 - Japão/Coréia do Sul